全球危险病毒数据库上线

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發表於 2024-9-15 15:13:26 |只看該作者 |正序瀏覽

一个供研究人员共享危险病毒基因组的新数据库，有望解决许多阻碍现有方法的问题。但前提是，必须说服研究人员使用它。

据《自然》报道，这一名为Pathoplexus的数据库于上个月启动，数据库背后的科学家团队希望有更多研究人员分享已知和新出现的对公共卫生具有重要意义的基因序列。

澳大利亚悉尼大学病毒学家Edward Holmes说，尽可能快地共享序列对于识别新病毒、跟踪其变异至关重要，同时也有助于疫苗设计。

Pathoplexus数据库目前聚焦其他数据库未包含的4种病毒：克里米亚-刚果出血热病毒、苏丹埃博拉病毒、扎伊尔埃博拉病毒和西尼罗河病毒。该团队表示，稍后还会在数据库中添加其他病原体。

现有最大的数据库之一是美国的GenBank，它允许无限制访问。但是无限制访问意味着理论上任何人都可以使用这些数据发表科学论文，而无需承认数据所有者。这阻碍了科学家，特别是来自低收入国家的科学家在突发公共卫生事件期间快速分享他们的数据。

另一个数据库GISAID要求用户注册，同意承认数据所有者并尽力与所有者合作，旨在确保数据提交者的权利。GISAID一度非常受欢迎，但研究人员对其治理透明度、如何调解关于诚信的争议等提出了担忧。

日本东京大学进化病毒学家Spyros Lytras说：“在过去几年里，GISAID遇到了很多挫折。”但科学界也吸取了教训。“从零开始是我们所需要的，Pathoplexus数据库可能是解决方案。”

Pathoplexus数据库为用户提供了一些保护。例如，研究人员可以对他人如何使用他们的数据进行限制，例如，不允许在没有明确许可的情况下，在一年内将他们的数据作为科学出版物的重点。这应该为数据所有者留足了时间来提交他们的研究成果初稿。

用户还必须在他们的出版物中注明数据所有者。“我们的目标是建立一个社区，让研究人员确信他们的贡献将得到尊重和适当认可。”Pathoplexus数据库团队成员、全球基因组流行病学公共卫生联盟运营负责人Jamie Southgate说。

Pathoplexus不会阻止违反使用条款的个人访问该网站，而GISAID在极少数情况下会这样做。相反，如果发布的数据违反了条款，该团队将联系期刊，确保数据按照共享方式使用。Pathoplexus数据库的联合创始人、瑞士热带和公共卫生研究所分子流行病学家Emma Hodcroft说：“我们尽力让条款十分明确。”

孟加拉儿童健康研究基金会分子微生物学家Senjuti Saha同意联系出版商的方法。“这是一个很好的、聪明的解决方案。”她认为，Pathoplexus数据库的透明度将在科学界中建立信任。

Saha强调，现在说Pathoplexus存储库能否解决当前的数据共享问题还为时过早。“但这是非常棒的第一步。”

Pathoplexus的创建者尽力改进用户体验，例如尽可能简化上传过程。Pathoplexus数据库还会检查序列数据和相关信息的错误，并帮助将病毒组织成亚型。

目前，已经有数千人访问了该数据库，有50人创建了账户提交数据，但没有人提交序列。为了扩大规模，Pathoplexus数据库团队需要获得长期资金。Hodcroft说，现在的首要任务是吸引捐助者，“我抱着谨慎的希望”。